Pues nada, en mi intento de tunearme todo a mi manera, he querido hacerme una versión portable para tener mi correo en cualquier sistema (linux, x86 y con soporte flatpak y entorno de ventanas)
De todas las opciones, esta es la mas viable, ya que con un simple script bash se consigue.
Muchas gracias a sergiotarxz por su ayuda, que al final prácticamente toda la solución es suya y yo solo he tenido que cacharrear un poco con el directorio y encontrar un programa de correo que no tenga dependencias que se necesiten para funciona (al menos con evolution y kmail no llegaba a arrancar)
#!/bin/bash
SCRIPT=$(realpath -s "$0")
SCRIPTPATH=$(dirname "$SCRIPT")
HOME=$SCRIPTPATH flatpak -u remote-add --if-not-exists flathub https://dl.flathub.org/repo/flathub.flatpakrepo
HOME=$SCRIPTPATH flatpak -u --or-update -y install org.mozilla.Thunderbird
HOME=$SCRIPTPATH flatpak -u update
HOME=$SCRIPTPATH flatpak -u run org.mozilla.Thunderbird
Cada vez que se ejecuta este script, instala el programa de correo (thunderbird en este caso) mediante flatpak en la misma carpeta en el que se ejecute, y si ya esta instalado se actualiza
Actualiza el resto de flatpak (por si se tienen mas instalados en la misma carpeta, por ejemplo es posible que añada un firefox y un kiwix si todo va bien)
Y por ultimo lanza el flatpak.
Como se ha definido como carpeta de usuario en la que se ejecuta el script, todos los correos, cache, configuraciones, etc se crearan en esta ruta sin mas complicaciones ya que a todos los efectos, para la ejecución es la carpeta de home